洱源县人民检察院现设有院办公室、政治处、纪检监察组、案件管理办公室、侦查监督科、公诉科、未成年人检察办公室、环境资源保护检察科、控告申诉检察科、民事行政检察科、人民监督工作办公室、刑事执行检察局、技术科、司法警察大队14个科室局。按照司法体制改革要求，合并为侦查监督部、公诉部、检察监督部、案件管理部、检务管理部五个部门，纪检监察组单列。