检察机关在审查起诉阶段依法告知了被告人金应琪享有的诉讼权利,依法讯问了被告人,听取了辩护人的意见。临沧市临翔区人民检察院起诉指控:被告人金应琪在担任双江自治县公安局局长、云县公安局局长期间,利用职务便利,非法占有公共财物,数额巨大;非法收受他人财物,为他人谋取利益,数额巨大;为谋取不正当利益,向多名国家工作人员行贿;身为国家机关工作人员,不正确履行职责,致使国家利益遭受重大损失,情节特别严重;身为国家司法工作人员,对明知是有罪的人而故意包庇不使其受追诉,情节特别严重;依法应当以贪污罪、受贿罪、行贿罪、滥用职权罪、徇私枉法罪追究其刑事责任。